Байкальский исследовательский центр не имеет постоянного бюджетного финансирования, все научные проекты, а также расходы по выплате заработной платы, закупок оборудования, текущего (и капитального) ремонта лабораторных помещений и др. осуществляются за счет привлеченных средств.

     За период существования Центра и лаборатории «Проблемы адаптации биосистем» (в структуре НИИ биологии при ИГУ) нашими научными сотрудниками было получено более десятка различных грантов на проведение научных проектов, стажировок или участия в конференциях.

     Среди них:   

     Гранты РФФИ для поддержки инициативных научных проектов, для участия российских ученых в международных научных мероприятиях за рубежом, для организации экспедиций (и полевых исследований), для научной работы молодых российских ученых в ведущих научных организациях Российской Федерации, регионального конкурса РФФИ Байкал и гранты международных конкурсов РФФИ совместного с Американским фондом гражданских исследований и развития (CRDF) и совместно с Объединением научно-исследовательских центров Германии им. Гельмгольца (Helmholtz Association);

     Гранты Минобразования в рамках Аналитической ведомственной целевой программы "Развитие научного потенциала высшей школы 2009-2010"; Гранты Президента Российской Федерации для поддержки молодых российских ученых;
    Гранты Федеральной Целевой Программы "Научные и научно-педагогические кадры инновационной России" на 2009-2013 годы, среди них подпрограммы "Проведение научных исследований целевыми аспирантами", "Проведение научных исследований кандидатами наук" и "Проведение научных исследований молодыми кандидатами наук", а также "Проведение научных исследований коллективами под руководством приглашенных исследователей".

    Помимо указанных выше, в разное время Центр получал прямую поддержку от  Администрации Иркутской области и Федерального агентства по науке и инновациям, а также пожертвования частных лиц и организаций Иркутской области.